Deus Ex: Human Revolution приквелом Deus Ex - действие происходит в 2027 году. Адам Дженсен - главный герой игры, работает начальником безопасности компании «Шариф Индастриз», которая занимается разработками механических имплантатов для людей. Меган Рид - молодая красивая женщина, по совместительству - подруга Адама и ученый, занимающийся разработкой специальных препаратов, способствующих улучшению приживаемости имплантированных устройств. Результаты работы Меган - общество изменило свое отношение к имплантатам, считая их достаточно полезными и безопасными.
Иллюминаты решают устроить нападение на штаб-квартиру «Шариф Индастриз», в результате - многих ученых и участников проекта считают погибшими. Сам Адам находится на грани жизни и смерти - теперь чтобы сохранить ему жизнь, по поручению Дэвида, Адам Дженсен проходит ряд операций и обретает массу имплантатов - мозговой чип, механические руки и ноги, подкожную броню «Кожа Носорога», искусственные глазные яблоки.
Уже через полгода Адам смог вернуться на работу в корпорацию, его новая миссия - борьба с группой террористов. В ходе борьбы, Адам узнает, что один из экстремистов так же, как и он, имеет импланты. Также Адам находит подтверждение своей догадке, что ученые остались живы, а оказались в плену у группы террористов. Элиза Кассан - известная журналистка оказывается замешанной в это похищение. Адам смог разгадать ее тайну - она не является человеком, Элиза Кассан - искусственный интеллект. У Адама есть выбор - погибнуть и уничтожить экстремистов, однако всегда остается и другой вариант. Какой выбор сделает Адам, зависит от игрока, управляющего персонажем и проходящим все его испытания.